中国中医药科技发展中心（国家中医药管理局人才交流中心）设11个内设机构（正处级），分别是：

党政办公室、人事处、财务审计处、规划与平台处、科技评价处、成果推广处、人才发展处、人才服务处、中药产业处、健康促进处、医疗创新处。